متأسفانه معضلی عمیق و فراگیر در حوزه معارف دین اسلام از آغاز عصر غیبت وجود داشته است. این مشکل به متدلوژی علم و شیوه تحقیق علمای عصر غیبت مربوط می‌شود و آن این‌که عالمان ندانسته‌ها و مجهولات خود را به طور دقیق و با موضوع‌شناسی و ملاک‌یابی حل و فصل نمی‌کردند و تحقیقات آنان بیش‌تر انفرادی و انزوایی و گاه در بعضی موارد، سطحی و باری به هر جهت بوده است. چون تحقیق همه‌جانبه و به تعبیر ما حکمت‌گرایانه بر روی مسایل انجام نمی‌شده است، منظور و مراد گزاره‌های دینی به طور کامل روشن نمی‌شده و همین، عامل مهمی در پیرایه‌سازی و تحریف و گمراهی می‌شده است. عالمان انزوایی‌اندیش مجهولات را برای بازماندگان به ارث می‌گذاشتند. متأسفانه حتی چنین نبوده است که کسی تحقیقات نیمه‌کاره و ناقص آنان را پی بگیرد تا بلکه بتوان به ایستار یا به مقصد و مقصودی رسید. البته نباید از این نکته غفلت داشت که حاکمان و قدرت‌های استکباری، مانع مهمی برای علما و تحقیقاتشان بوده‌اند و فراغت بال و امنیت روانی را از آنان سلب می‌کردند. علما قدرت اجتماعی نداشتند و همیشه در ضعف بوده‌اند. هم‌چنین در مختصر تحقیق انزوایی هم که داشتند، مجبور به تقیه و توریه حتی نسبت به نزدک‌ترین افراد و شاگردان خود بودند. افزون بر این، به صورت غالبی، فقر گریبان‌گیر نوابغ حوزوی ما بوده و امکانات تحقیق و پژوهش برای آن‌ها فراهم نبوده است. اما عامل مهمی که عالمان دینی از آن برخوردار بوده‌اند، هوش و اندیشه والا و توان نازک‌اندیشی در پرتو ملکه موهبتی قدسی یا ولایت اعطایی بوده است.

در نوجوانی، روزی وارد مسجد اعظم شدم. طلبه‌ها را دیدم که در حال مباحثه درسی بودند. به مباحثه دو نفر از طلبه‌ها دقت کردم و به حرف‌هایشان گوش دادم. آن‌ها اصول را مباحثه می‌کردند. یکی از طلبه‌ها کلمه «مَجاز» را به اشتباه مُجاز خواند. طلبه دیگر اشتباهش را به او گوشزد کرد و گفت مُجاز در مقابل ممنوع است و مَجاز در مقابل حقیقت. آن طلبه، اشتباهش را نپذیرفت. طلبه دوم باز در مورد این کلمه توضیح داد. آن طلبه در پاسخ گفت حرف شما هم قولی است؛ یعنی به هیچ وجه حاضر نبود اشتباهش را بپذیرد. البته این هم یک مشکل در حوزه دین‌پژوهی است که بعضی با همین روحیه صاحب نفوذ اجتماعی می‌شوند. پس تا بدین‌جا دو مشکل و معضل «اجتهاد» چنین شد که بعضی از علما، زحمت تحقیق و پژوهش عمیق و همه‌جانبه و شناخت موضوع و ملاک حکم را تقبل نمی‌کنند تا حقیقت را دریابند. دوم این‌که بعضی از صاحبان نفوذ اجتماعی و چیرگان حتی اگر بیش از سی ساعت برای آن‌ها بحث علمی شود و بیش از پنجاه برگ به اندازه برگه‌های بازجویی برای آنان به‌طور نمونه از فقه حکمت‌گرا و مصادیق آن گفته شود و حقیقت با تمامی ابعاد آن حتی اگر با زحمت انفرادی و زیر فشارهای روانی حاصل از آن توضیح داده شود، نمی‌پذیرند و این‌گونه توجیه می‌کنند که این هم نظری است یا در روشن‌ترین مصادیق یعنی در مورد صاحب مکتب و نظریه نیز آن را با ادعایی که هر طلبه‌ای به آن شیخ خندان می‌شود، دچار شبهه مصداقی می‌سازند.